PHYLIP (PHYLogeny Inference Package ) е безплатен софтуер за изграждане на филогенетични дървета. Пакетът се състои от 35 програми, които нямат графичен интерфейс. Входните данни се представят в собствен формат PHYLIP.. Файлът outtree, съдържащ дървото, се представя в универсалния формат на Newick.
От септември 1980 г., когато програмата е пусната за първи път, досега тя има повече от 28000 официално регистрирани потребители.
Съществуват редица софтуерни продукти, които предоставят графичен интерфейс към функционалността на PHYLIP.. Системата Unipro UGENE, която позволява построяването на дървета с помощта на алгоритмите на PHYLIP, визуализирането им и запазването им във формат Newick.
Програми, включени в PHYLIP
Оценява филогенията на белтъчни последователности, като използва метода на максималната парсимония.
Оценява филогенията на ДНК последователности, като използва метода на максималната парсимония.
Метод на разклоненията и връзките на ДНК. Търси всички най-парисимонични филогении за аминокиселинни последователности.
Интерактивно конструиране на филогения от аминокиселинни последователности, оценена по метода на максималната парсимония за ДНК.
Оценка на филогения от данни за аминокиселинни последователности, като се използва критерий за съвместимост.
Оценка на филогения от нуклеотидни последователности с използване на метода на максималното правдоподобие.
ДНК метод на максималното правдоподобие с молекулярен часовник.
Оценява филогенията въз основа на аминокиселинни последователности, като използва метода на максималното правдоподобие.
Метод на максималното правдоподобие с молекулярен часовник за протеинови последователности.
Оценява филогения по метода на максималното правдоподобие, като използва информация за местата на рестрикция (наличие или отсъствие на отделни места).
За данни от последователности на нуклеинови киселини за четири вида изчислява филогенетични инварианти Lake’s и Cavender’s, които тестват алтернативни топологии на дървото.
Метод на разстоянията за ДНК, който изчислява по аминокиселинни последователности 4 различни разстояния между индивидите. След това разстоянията могат да се използват в програми за матрици на разстоянията.
Оценяване на разстоянията по метода на максималната вероятност.
Разстояния, изчислени от данни за местата на рестрикция или данни за фрагменти на рестрикция.
Чете данни и извежда набор от данни, като използва статистически bootstrap.
Метод на матрицата на разстоянията Fitch-Margoliash. Оценява филогенията от данни от матрицата на разстоянията, като използва „кумулативен модел на дървото“, според който разстоянията се очаква да бъдат равни на сумите от дължините на разклоненията между видовете.
Метод на матрицата на разстоянията Fitch-Margoliash с молекулярен часовник. Оценяване на филогения от данни от матрица на разстоянията с помощта на „ултраметричен“ модел, който е същият като модела на кумулативното дърво, с изключение на това, че се взема предвид еволюционният часовник.
Изпълнение на метода Neighbor-Joining (метод на присъединяване на съседи) и метода UPGMA (метод на групиране по непретеглени двойки с осредняване).
Оценява филогенията от данни за честотата на гените, като използва метода на максималното правдоподобие (всички разлики се дължат на генен дрейф при липса на нови мутации). Тази програма може също така да извършва анализ на максималното правдоподобие за признаци, които се развиват като модел на брауново движение, като се приема, че признаците се развиват с еднаква скорост.
Чете дървото от файл и създава независими разлики за признаците, за да ги използва след това в многовариантна статистика.
Програмагенетични разстояния, която изчислява t по една от трите формули за генетични разстояния, като използва данни за честотата на гените.
Неподреден метод на парсимония с много състояния, който разглежда индивидуални признаци.
Оценка на филогенията чрез някои методи на парсимония за дискретни признаци с две състояния (0 и 1). Позволява използването на метода на парсимония на Вагнер, метода на парсимония Camin-Sokal или всяка тяхна комбинация.
Разделяне или свързване на смесени методи, които намират все по-пасимистична филогения за дискретни данни за признаци с две състояния, методът на разклоненията и връзките за точно търсене се използва за метода на Вагнер, Camin-Sokal, и смесените критерии за парсимония.
Интерактивно конструиране на филогения от данни за единични признаци с две състояния (0 и 1). Оценява критериите за парсимония и съвместимост на тази филогения и показва възстановените състояния върху цялото дърво.
Оценява филогения с помощта на Dollo или критериите за парсимония за полиморфизъм от данни за единични признаци с две състояния (0 и 1).
Намира всички най-парични филогении за данни за отделни признаци с две състояния, като за Dollo или критерии за паримония за полиморфизъм се използва методът на точното търсене на разклонения и връзки.
Интерактивно конструиране на филогения от данни за единични признаци с две състояния (0 и 1), като се използват критериите Dollo или полиморфизъм за парсимония. Оценява критериите за съвместимост на парсимонията и филогенията и показва възстановените състояния в цялото дърво.
Намира най-многобройната клика от взаимно съвместими признаци и препоръчваната от тях филогения за данни за отделни признаци с две състояния (0 и 1). Най-многобройната клика (или всички клики в рамките на даден диапазон на най-голям размер) се намират чрез много бърз метод за търсене на разклонения и връзки.
Програма за прекодиране на признаци, която взема дискретни данни с много състояния с дървесен признак и създава съответна съвкупност от данни с две състояния (0 и 1).
Програмата изчертава дърво без корени, подобно на следното drawgram.
Програма за консенсусно дърво, която изчислява консенсуса на едно дърво, като използва метода majority-rule consensus tree, който също така улеснява намирането на строг консенсус на едно дърво.
Изчислява Robinson-Foulds симетрични разлики в разстоянията между дърветата, които позволяват разлики в топологията на дърветата.
Интерактивна програма за реконструкция на дървета, която чете дървото (с дължини на клоните, ако е необходимо) и ви позволява да го реконструирате, да щракнете върху клоните, да промените имената на видовете и дължините на клоните и след това да изпишете резултата. Може да се използва за преобразуване на вкоренени и невкоренени дървета междуот себе си.
